国家海洋局东海环境监测中心（简称中心）隶属国家海洋局东海分局，组建于一九八一年，先后称“东海分局环境监测站”和“国家海洋局东海监测中心”。国海人发[1997]012号文改称现名，简称“东海监测中心”。一九九九年经上级主管部门(海东人[1999]233号文)批准在原东海监测中心机构不变的基础上加挂“国家海洋局东海海洋工程勘察设计研究所”牌子。二ＯＯ三年为了适应海洋行政管理体制与地方经济发展的需要，经上级主管部门批准（海东人[2003]177号文件）与“国家海洋局东海海洋工程勘察设计研究院”分立。
中心是全民事业独立法人单位，是具有明确的法律地位，能够承担法律责任的实体，也是1991年首批通过国家级计量认证资质认定的海洋环境监测机构。中心独立法人证明文件为：事证第110000001018号文，中心领导任命文件为：海东人[2003]235号文。
中心编制88人，主要职责是：负责拟定东海区海洋环境保护与整治规划，海洋功能区划、海岛保护与开发规划；组织编制东海区海洋环境的监视监测工作方案、应急监视监测预案；组织实施东海区海洋倾废、海洋工程建设项目（国管）、海洋放射性及海洋油气勘探开发对海洋环境污染损害的监视监测与评价；组织实施东海区海洋环境趋势性、陆源污染物入海、生态监控区监测及评价；组织实施东海区赤潮（绿潮）、溢油、核事故和其他重大污染损害事件的应急监测与评价；承担东海区海洋生态损害的评估工作；组织实施东海区海洋领域节能减排和应对气候变化的监测工作；组织编制东海区海洋环境质量公报、通报、专报、简报等专项环境信息；负责对东海区海洋环境监测机构的业务监督、技术指导和服务；参与东海区海洋环境监视监测的质量监督工作；履行中国海监东海区检验鉴定中心职责，承担东海区海洋环境保护执法的技术支撑工作；承担海域使用的环境监视监测、海岛资源生态调查和评估、海岛使用的论证评估工作；承担海洋基础调查、资源与环境的综合调查、专题研究和评价，开展海洋监视监测的应用性技术开发与研究；组织实施东海区海洋环境监视监测信息化的建设规划与标准制定、构建东海区海洋环境监视监测信息化平台。
由于国家海洋局东海环境监测中心业务工作发展的需要，根据东海分局《局长办公会议纪要》第12期、《关于将川桥路业务用房交由东海监测中心管理使用的批复》（海东财[2013]416号）精神，我中心完成了川桥路1515号的业务用房的一期装修改造工作，2015年2月份完成了中心实验室的整体搬迁，由原来的浦东新区东塘路630号搬迁至浦东新区金桥开发区川桥路1515号。
搬迁后的实验室在硬件配置方面有了很大的改进，实验室面积由原来的1800m2扩大到现在的2800m2，实验室环境条件得到进一步改善，配备了实验室纯水制备和分配系统、仪器设备用气的集中供气系统、痕量重金属分析的千级、万级洁净室、水样重金属处理的万级洁净室、微生物分析测试的无菌室、有机预处理室、重金属预处理室、常规预处理室、大型仪器室、常规仪器室等。配置有流动注射分析仪、Agilent-1100型高效液相色谱仪、AFS9130双通道原子荧光光谱仪和Varian-220Z系列原子吸收分光光度仪、LS13320激光力度分析仪、VarianCP-3800型气相色谱仪、电感耦合等离子质谱联用仪、总有机碳分析仪、全自动凝胶色谱净化系统、全自动快速溶剂萃取仪、460型红外分光测油仪、Agilent5973C气相色谱/质谱联用仪、高效液相-质谱联用仪、高纯锗γ谱仪、MIDI微生物全自动鉴定系统、Leica-DML型荧光显微镜、Leica倒置荧光显微镜、Tri-carb2900TR型液体闪烁仪、电子扫描显微镜、RDI-ADCP、海鸟SBE25型CTD、SDH-13D型精密浅水测深仪等一批先进的海洋监测与调查仪器设备。
中心在职人员88人，其中教授级高工3人，高级工程师18人，工程师22人；具有研究生以上学历34人，本科29人；实验楼面积5000多平方米，其中实验室面积约2800平方米。
中心以国家海洋局东海分局的飞机和海洋调查船为依托，能够开展海洋水文、海洋气象、水质、海洋沉积物、海洋生物残毒、海洋生态调查和毒理监测、海洋大气、海底地形测量和石油及其炼制品9大类133个项目的监测工作。
中心自成立以来，曾多次承担完成国家、地方的大型、重点研究项目，如国家自然科学基金重大项目“中国东南沿海赤潮发生机理研究”，“全国海岸带和海涂资源综合调查”、“全国第二次海洋污染基线调查（东海区）”、“长江三峡工程对长江口及其邻近海域环境生态影响的研究”、“上海市大比例尺海洋功能区划”、“上海市海域近海和潮间带生物资源调查与评价”、“上海市市售海产贝类和主要原产地海洋环境质量调查与评价及管理对策研究”，我国近海海洋综合调查与评价专项“ST05区块与浙江近岸水体环境调查与研究”，上海市近海海洋综合调查与评价专项“上海市水体环境调查与研究”、“上海市海岛调查（崇明岛）”等五十余项大中型监测调查任务；获国家科技进步一等奖1项、国家海洋局海洋科技创新成果一等奖2项、国家海洋局海洋科技创新成果二等奖4项、其他省部级奖项二十余项；完成国家科技部863计划课题“典型河口、海湾生态系统健康评价模型技术研究及应用示范”、2008年海洋公益性行业科研专项“海岸带区域综合承载力评估与决策技术集成及示范研究”等近十项科技项目；承担国家科技部863计划重大项目“重大海洋赤潮灾害实时监测与预警系统”、海洋公益性行业科研专项“我国典型海域外来物种海洋生物入侵风险评估技术集成与辅助决策技术研究”、“疏浚物和污水污泥倾废监测、管理技术研究与应用示范”等十余项。
中心为社会提供了具有证明作用的数据和结果，在东海区三省一市产生了良好的经济效益和社会效益。
